Atacat de un monstru, prinţul Tamino strigă deznădăjduit după ajutor dar îşi pierde cunoştnţa şi cade leşinat. E salvat de trei doamne, însoţitoarele Reginei Nopţii, care omoară monstrul, plecând apoi să-şi vestească stăpâna de cele întâmplate. Deschizând ochii, Tamino îl zăreşte lângă el pe Papageno - păsărarul, un sălbatic naiv, îmbrăcat într-un veşmânt pestriţ, alcătuit numai din pene, care trecea din întâmplare prin locurile acelea. Luându-l drept salvatorul său, prinţul îşi exprimă recunoştinţa. Guralivul Papageno începe să se laude cu faptele sale de vitejie, dar este adus la realitate de revenirea celor trei doamne, care-l pedepsesc pentru vanitatea lui, închizându-i gura cu un lacăt. Ele îi înmânează prinţului Tamino un medalion cu portretul Paminei, fiica Reginei Nopţii şi e rugat să o alveze. Tânăra fată se află în captivitate, păzită cu străşnicie de temutul Sarastro. Vrăjit de frumuseţea ei, Tamino promite că va face totul pentru a o elibera. Îşi face apariţia însăşi Regina Nopţii, în veşmânt bogat, implorând şi ea pe Tamino să-i elibereze fata din mâinile lui Sarastro.

Cele trei doamne îi redau glasul lui Papageno, dăruindu-i şi un joc de clopoţei iar Tamino primeşte un flaut fermecat, care-l va ajuta în încercărle grele la care va fi supus.

În palatul lui Sarastro, Pamina este chinuită de crudul Monostatos care o doreşte. Pamina se întâlneşte cu Papageno într-una din sălile palatului. Recunoscând chipul din medalionul dăruit lui Tamino, Papageno o anunţă pe fată că va fi în curând eliberată de prinţul Tamino care e îndrăgostit de ea (duet).

Sosind în împărăţia lui Sarastro, prinţ înţelege că cel pe care dorea să-l ucidă nu este un vrăjitor mânat de gânduri întunecate ci un ci un mare învăţat. Sarastro a salvat-o pe Pamina din împărăţia răului şi a întunericului, pentru a o feri de influenţa nefastă a Reginei Nopţii. În vreme ce Tamino se pregăteşte să plece în căutarea Paminei aceasta apare însoţită de Papageno. Cei doi îndrăgostiţi sânt fugăriţi de Monostatos. Păsărarul sună din clopoţeii fermecaţi şi urmăritorii încep să danseze fără voie devenind inofensivi. Aflând de fapta lui Monostatos, Sarastro îl pedepseşte. Despărţindu-i pe Tamino şi Pamina care au căzut unul în braţele celuilalt, el îi avertizează că vor fi supuşi unor încercări grele, menite să le dovedească tăria dragostei lor.

Înconjurat de preoţii săi, Sarastro invocă zeii, pe Isis şi Osiris aratând că Tamino şi Pamina sunt sortiţi unul altuia. În timp ce Tamino e gata să înfrunte toate greutăţile, Papageno, comod şi fricos, ar prefera să renunţe, dar perspectiva de a-şi cuceri şi el o iubită îl face să-i schimbe ideile. Lăsaţi într-un loc întunecos şi sumbru, Tamino şi Papageno sânt supuşi probei tăcerii, încercare extrem de dificilă pentru flecarul păsărar; în ciuda admonestărilor lui Tamino, Papageno va încălca interdicţia. În acest timp, Monosatos încearcă din nou s-o silească pe Pamina să-i accepte dragostea. Intervenţia Reginei Nopţii pune însă capăt acestei scene. Îndemnându-şi fiica să-l ucidă pe Sarastro, Regina Nopţii îi înmânează Paminei un pumnal dar fata refuză, După plecarea ei, Monostatos revine cu insistenţele sale. Respins cu indignare, Monostatos încearcă să o ucidă pe Pamina, dar este din nou împiedicat şi gonit, de data aceasta de Sarastro. Umilă, Pamina cere îndurare pentru mama ei. Plin de demnitate, Sarastro îi aminteşte fetei că răzbunarea n-a poposit niciodată în împărăţia sa.

Tamino şi Papageno se află acum într-o grotă întunecoasă. În faţa lor apare deodată o bătrână urâtă şi zbârcită, care începe să-i facă lui Papageno înfocate declaraţii de dragoste. Respingând-o cu dezgust, păsărarul se repede către o masă plină cu bunătăţi, care a apărut şi ea din pământ. Racăpătându-şi flautul fermecat, Tamino începe să cânte, dorindu-şi să o vadă pe Pamina. Tânăra fată îşi face într-adevăr apariţia, dar tăcerea lui Tamino, care nu a căpătat încă dezlegarea de a vorbi, o face să creadă că este părăsită.

În templul lui Isis, preoţii aduc laude dârzeniei lui Tamino .Tânărul prinţ trece acum prin cea mai grea încercare: i s-a impus să se despartă de Pamina. În acest timp, Papageno visează la aceea pe care şi-ar dori-o de soţie. Tamino şi Pamina, din nou împreună, ies învingători din noile încercări - Apa şi Focul, la care sunt supuşi. Sătul de tâta aşteptare, Papageno cedează insistenţelor bătrânei din peşteră, dar spre mirarea lui, vede cum arătarea se preface într-o fată încântătoare. Frumoasa Pagena întruchipează tot ceea ce şi-a visat păsărarul.

Regina Nopţii, împreună cu Monostatos şi cele trei doamne, încearcă zadarnic să tulbure armonia împărăţiei bunului Sarastro, din care sunt alungaţi pentru totdeauna şi-i uneşte pe Tamino şi Pamina în timp ce imnul soarelui glorifică triumful binelui asupra răului.